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El nombre del Departamento proviene del Río Putumayo, que a decir de algunos historiadores, significa "Rió de las Garzas".

El Piedemonte del Putumayo, es considerado el sector más rico en especies del piedemonte oriental, puesto que fue un refugio pleistocenito: En esta época grandes áreas de las cordilleras fueron cubiertas por el hielo mientras en el clima cálido, las selvas se convertían en praderas o desiertos. Algunos rincones, a manera de "Arca de Noé" conservaron su selva húmeda, refugio de la fauna y la flora.

Se considera que hasta el año 1000 se dieron contactos entre pobladores Sibundoyes e Ingas y la Cultura Agustiniana, descendientes de los escultores ancestrales. Su lengua Kamsá lo relaciona con los chibchas y con el quechua, por lo que quizás fueron parte del imperio Inca.

En las estribaciones de la cordillera andina habitan estas culturas que se remontan a los Quilla singas de la montaña, quienes en febrero de 1535 acogieron durante 20 días la primera expedición conquistadora de Juan de Ampudia y Pedro de Añasco, tenientes de Sebastián de Belalcazar, quienes reconocieron el Valle de Sibundoy en pacífica convivencia con los nativos.

Se considera que los primeros nativos del Putumayo llegaron por diferente lugares, Río Putumayo desde el Amazonas (andoques, miraños y boras) , Ecuador, otros por el Caquetá y Nariño, y otros por Monopamba, entrando a Orito y al Valle del Guamuéz. Las principales familias fueron los Kamsá, los Inganos, que habitan también las poblaciones de Santiago y San Andrés en el Valle de Sibundoy; los feroces tambas y andaquíes, que incursionaban desde el Huila al Medio Putumayo, para cazar hombres como se cazan fieras; los Sionas, que hoy habitan la riberas de los Ríos Orito y Putumayo, desde Puerto Asís hasta Puerto Ospina. Los Maca guajes y Coreguajes pertenecientes a esta misma familia; los Huitotos, cuyas familias comprendían numerosas ramas laterales como los Kaimitos, Menecas y Muinames, que hoy se asientan especialmente en las riberas del Río Putumayo, desde Puerto Ospina, aguas abajo y por el Rió Caquetá, y desde las delicias, aguas abajo; los Kofanes, en los Ríos San Miguel y Guamuéz.

Todos tenían características comunes en su modo de vida, aunque los distanciaban la diversidad de idiomas y algunos adelantos mínimos en vivienda y vestido. Entre los artefactos encontrados están el hacha de piedra, vasijas de barro y prendas de vestir. Ninguna tribu del Putumayo fue rica parece que no conocieron el oro que después explotaron los blancos en los ríos del Alto Putumayo, y los negros en los aluviones de Puerto Limón y Santa Lucia. Las construcciones fueron en paja o combinándolas con caña, no utilizaron la piedra.

Los chamanes, que gozaban y lo siguen haciendo de gran autoridad mezclan conocimientos médicos avanzados en botánica y mitos religiosos. Sabios de la medicina y la botánica sibundoyes e Ingas son conocedores de más de 240 especies vegetales para uso humano, muchas de las cuales son únicas de la región o solo pueden ser propagadas por el hombre, ya que son variedades genéticas logradas durante siglos por el Indígena. Se cuentan por ejemplo, 8 borracheros de diferente uso medicinal, una variedad de papa, doce de arracacha, 9 de malangas o mafafas que no se conocen en ningún otro lugar del mundo. Además de muchas especies alimenticias más, 23 ornamentales, 38 especies como combustible para diferentes usos, 30 especies como alimento especializado para animales entre las que cabe destacar 7 de mafafa para los cerdos; también hay 16 para laborar narcóticos y muchas otras que no ha documentado la botánica oficial, son todas un tesoro milenario, legado cultural del Indígena Sibundoy.

Existen otros grupos llegados de otras regiones como el Páez, el Awa, el Catío, el Embera-catío y otros. La oficina de asuntos indígenas del Putumayo tiene hoy relacionados 120 cabildos y 8 organizaciones indígenas en todo el Departamento.

En 1538 el Capitán Gonzalo Dáz de Pineda, partiendo de Quito (Ecuador) recorrió en plan de exploración la región del Río San Miguel. A finales de 1542 salió de Pasto, fundada 3 años antes por Lorenzo de Aldana, otra expedición al mando del Capitán Pedro de Molina hacia el Valle de Sibundoy, cuando allí se encontraban Hernán Pérez de Quesada y sus hombres, procedentes de Santa Fe, cruzando por la cordillera oriental, el Llano y después de numerables dificultades, pasando por algunos pueblos del Caquetá, debió penetrar el territorio de la actual Bota Caucana, por la región de Puerto Bello, el Río Fragua, y seguir por el actual municipio de Piamonte, cruzando por Sevilla y Nápoles, hasta situarse en el  lugar que hoy ocupa Puerto Limón, en los últimos meses de 1542. Diezmado por el flaqueamiento de su expedición, siguió la trocha abierta en la cordillera por los ríos Mocoa, Patoyaco y Minchoy, hasta asomar a la serranía de portachuelo y llegar, bajo tremendas dificultades, finalmente al valle de Sibundoy.

En 1563, el Capitán Gonzalo H. de Avendaño, por orden del Capitán General de la provincia de Popayán, Pedro de Agreda, fundó a Mocoa, Llamado Finalmente San Miguel Agreda de Mocoa, en la margen izquierda del río de su nombre, más o menos en la actual vereda del alto Afán.    

A finales de siglo XVI y a principios del XVII, algunos capitanes Españoles y grupos de misioneros Jesuitas y Franciscanos, dependientes del gobierno de Popayán, fueron los primeros exploradores de las regiones de Sucumbíos y Kofanes, en las cabeceras del Putumayo, y muchos de ellos exploraron el río aguas abajo, propagando el cristianismo.

El movimiento comercial comienza con las incursiones de los primeros españoles, extrayendo recursos de oro en el Alto Putumayo, las explotaciones agrícolas no permitían la explotación principalmente por malos caminos. A mediados de la tercera década del siglo XIX comerciantes vecinos del Putumayo viajaron vía fluvial hasta el Amazonas, llevando los artículos que producían esas regiones hasta Manaos y Belén de Pará, y regresando con otros, europeos, necesarios en las regiones de mayor desarrollo. En 1835 en adelante se inició la extracción y exportación en gran cantidad de la cáscara de quina. En 1845 se descubrió en el Putumayo y el Caquetá el caucho natural, y desde esa época empezó su comercio. De 1890 hasta mediados de la segunda década del siglo XX se continuó la explotación de balata, chicle y otras gomas, igualmente, siendo escenario del régimen de barbarie que inescrupulosos mercaderes peruanos cometieron contra grupos aborígenes. A partir de este año hasta 1905 donde fue elevado a la categoría de Intendencia, perteneció a la provincia del Caquetá; siete años más tarde en 1912 fue declarada comisaría, igualmente se funda la ciudad de Puerto Asís, poco después hizo parte del Departamento de Nariño.

El conflicto militar Colombo-Peruano, en 1932 sirvió de estímulo para un importante auge de verdadera colonización y para el asentamiento de nuevas familias en la región. Puerto Asís se convierte en base militar con unos mil soldados que dan aliento a las actividades económicas. A ellas se suma la construcción de la carretera Pasto-Mocoa-Puerto Asís, llegando a Mocoa 1945, luego a Puerto Caicedo a finales de la década de los años 40 y finalmente a Puerto Asís entre 1946 y 1957, iniciando la explotación de oro, pieles y maderas. Además se comenzó l a exploración geológica para futuros descubrimientos y explotaciones de petróleo, fenómeno que tiene su mayor significación el la década de los 60 cuando comienza la economía petrolífera en el Putumayo, especialmente en Puerto Asís (sector Orito).  

En 1968, fue elevada, nuevamente, a categoría de Intendencia con capital en Mocoa. Recientes exploraciones indican que en esta región del país existen importantes reservas petrolíferas, que ascienden a los 600 millones de barriles de petróleo y 85.000 millones de pies cúbicos de gas. La región es rica, además, en oro, cobre, asbesto, y calizas.

El periodo que inicia a mediados de 1960, se inicia a producir ciertos productos agropecuarios, como el maíz, plátano, yuca y arroz; y la ganadería a gran escala. Tras la década de los años 80, con la aparición de la hoja de coca se aprecia la disminución de la agricultura y el agravamiento del conflicto armado.

Tras la Constituyente de 1991 en el gobierno del Presidente Cesar Gaviria Trujillo es nombrado como Departamento del Putumayo.

"PUTUMAYO, TERRITORIO DEL SUR DE COLOMBIA Y PARTE INTEGRAL DE ESE MEDIO PAÍS DEL QUE ESCASAMENTE SE ESCUCHA HABLAR, ES UNA BELLA REGIÓN DONDE CANTA ALEGRE EL GUACAMAYO, DONDE EL PÁJARO AZUL ENTONA SUAVES MELODÍAS Y DONDE SE ESCONDEN INNUMERABLES RESERVAS NATURALES. ESTE NOBLE TERRITORIO, CUSTODIADO A LA DISTANCIA POR LAS EMPINADAS CUMBRES ANDINAS, ESTA EMBELLECIDO POR IDÍLICOS Y CONTRASTANTES PARAJES NATURALES QUE HACEN DE EL UN POTENCIAL TURÍSTICO Y ECONÓMICO DE PRIMER ORDEN"  

 

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